第1話『暗雲』・加入ユニット：ホワイトベース、ガンダム、プロトゲッター、マジンガー Z、アフロダイ A、ガンキャノン、GM×3シャアを説得するかどうか クリア後の選択肢で A ルートを選択すると『G-3(A ルート)』 、B ルートを選択すると『バラの騎士』
第2話A『バラの騎士』・加入ユニット：なしBルートを選択した場合はこちら
第2話B『G-3(A ルート)』・加入ユニット：メタス、ネモ×2、ゲッターロボAルートを選択した場合はこちら アムロでエマを説得可能 ムサイを撃破するとシナリオクリア 異星人を追うを選択すると次のシナリオが『大気圏突入(異星人ルート)』 DC を追うを選択した場合は『暗礁空域』
第3話 A『G-3(Bルート)』・加入ユニット：メタス、ネモ×2、ゲッターロボアムロでエマを説得可能 ムサイを撃破するとシナリオクリア 異星人を追うを選択すると次のシナリオが『大気圏突入(異星人ルート)』 DC を追うを選択した場合は『暗礁空域』
第3話 B『暗礁空域』・加入ユニット：なしアムロでシャアを説得すると、後のシナリオが変化する 「大気圏」を選択すると次のシナリオが『大気圏突入(早)』 「フォン＝ブラウン市」を選択した場合は『フォン＝ブラウン』
第4話 A『大気圏突入(異星人ルート)』・加入ユニット：Z ガンダム、(ガンダム mkII)アムロかカミーユでエマを説得すると仲間になる ド ゴス・ギアだけが残ると撤退
第4話 B『フォン＝ブラウン』・加入ユニット：Z ガンダム、(ガンダム mkII)
第5話 B『大気圏突入(遅)』・加入ユニット：なし9ターン以内にクリアした場合の次のシナリオは『熱砂の大地』 10ターン以上かけてクリアした場合の次のシナリオは『ソロモン沖海戦』
第6話 B『ソロモン沖海戦』・加入ユニット：なし
第5話 A『ガンダム強奪』・加入ユニット：GP-01、ガンキャノンモンシアはスポット参戦 ガトーの撃破に成功！
第7話 B『熱砂の大地』・加入ユニット：ネモ、ズゴック E、(GP-01)
第6話 A『ガトー襲撃』・加入ユニット：アーガマ、NT-1 アレックス、ネモ×2セイラとラルが戦闘するとラルが無力化
第7話 A『シーサイド・パニック』・加入ユニット：(ディジェ SE-R)6PP まで戦闘を継続させると、ディジェ SE-Rが加入
第8話『超電磁ロボ コン・バトラー V』・加入ユニット：コン・バトラー V、バトルジェット、バトルクラッシャー、バトルタンク、バトルマリン、バトルクラフト早乙女研究所を選択すると次のシナリオが『早乙女研究所 危機一髪！』 光子力研究所を選択すると『紅の翼』
第9話『早乙女研究所 危機一髪！』・加入ユニット：なしジャックとミチルはスポット参戦
第10話『紅の翼』・加入ユニット：マジンガー Z(JS)、ダイアナン A、ボスボロット
第11話『勇者ライディーン』・加入ユニット：ライディーン、ブルーガー
第12話『うわさの波嵐万丈』・加入ユニット：ダイターン3
第13話『宇宙へ』・加入ユニット：百式、リックディアス、(リ・ガズィ、リックディアス)シャアを説得しているかどうかで、加入・離脱が変化 クリスとバーニィが戦闘すると、バーニィ説得フラグが成立
第14話『静寂の中で』・加入ユニット：(G ディフェンサー、ザク II)エマが加入しておりクワトロが加入していない場合、G ディフェンサー(カツ)が加入 前回クリスとバーニィが戦闘している場合、バーニィをクリスで説得すると仲間になる クワトロが加入しており「ガンダム強奪」を通ってる場合、次のシナリオは『疑惑』 そうでない場合は『ルナツー攻防戦』
第15話『疑惑』・加入ユニット：ジェガン、ケンプファー、ガルガンチュワ「DC を追撃する」を選択すると、次のシナリオは『追撃戦』 「ルナツーに突入する」を選択すると『星から来るもの』
第16話 B『ルナツー攻防戦』・加入ユニット：ジェガン、ケンプファー、ガルガンチュワ
第16話 A『追撃戦』・加入ユニット：リ・ガズィ、ZZ ガンダム
第17話 B『星から来るもの』・加入ユニット：なし
第17話 A『サイド1の激闘(DC)』・加入ユニット：ゲルググ Mガトーを助けるかどうか
第18話 B『サイド1の激闘(異星人)』・加入ユニット：ZZ ガンダム、F91、ジェガン
第18話 A『シャングリラ(DC 共闘)』・加入ユニット：F91、ZZ ガンダムこちらのルートではクェスが仲間にならない
第19話 B『シャングリラ(DC& 異星人)』・加入ユニット：なし特定の位置にアムロ機を待機させるとクェスが仲間になる
第19話 A『コンスコン強襲』・加入ユニット：ネェル・アーガマ、ν ガンダム、リ・ガズィ『追撃戦』を通っている場合の次のシナリオは『ソロモンの悪夢』 通っていない場合の次のシナリオは『魔装機神』
第20話『ソロモンの悪夢』・加入ユニット：サイバスターヴィガジの撃破に成功！
第21話 B『魔装機神』・加入ユニット：サイバスター
第21話 A『激戦のプレリュード』・加入ユニット：なしヴィガジの撃破に成功！ 『ソロモンの悪夢』でガトーが核を撃った場合の次のシナリオは『恐怖！機動ビグ・ザム』 撃っていない、シナリオを通っていない場合は『リューネ、そしてヴァルシオーネ』
第22話『恐怖！機動ビグ・ザム』・加入ユニット：なしカミーユでフォウを説得後にフォウを撃破するとフォウが加入 スレッガーの特攻イベントが発生するとスレッガーが死亡
第23話『リューネ、そしてヴァルシオーネ』・加入ユニット：(ヴァルシオーネ)クリア後の選択肢で「いいだろう」を選択すると、ヴァルシオーネ(リューネ)が加入 クリア後、ライディーンの武装追加
第24話『ジャブローの嵐』・加入ユニット：グレートマジンガー、ビューナス A、(メカ胡蝶鬼)ゲッターで胡蝶鬼を2回説得すると胡蝶が加入 「北アメリカ」を選択すると次のシナリオは『陽動作戦』 「アフリカ」を選択すると『赤道直下』
第25話 A『陽動作戦』・加入ユニット：グレンダイザー北アメリカを選択するとこちらのシナリオ クリア後の選択肢で「バミューダ」を選択すると、次のシナリオは『バミューダトライアングル』 「ベルファスト」を選択すると『女スパイ潜入』
第25話 B『赤道直下』・加入ユニット：なしアフリカ を選択するとこちらのシナリオ
第26話 A『バミューダ・トライアングル』・加入ユニット：なしライディーンにゴッドボイスが追加
第26話 B『デザート・ストーム』・加入ユニット：グレンダイザー
第27話『女スパイ潜入』・加入ユニット：なし
第28話『ブロッケンの影』・加入ユニット：なしレコアがシロッコに落とされると連れ去りイベントが発生しレコアが離脱
第29話『オデッサ・デイ』・加入ユニット：なし撤退するメキボスの撃破に成功
第30話『マチルダ救出作戦』・加入ユニット：ダブルスペイザー、(ビギナ・ギナ)シーブックでセシリーを説得すると仲間になるが、次のシナリオでも説得できる
第31話『妹よ！』・加入ユニット：ドリルスペイザー、マリンスペイザー、(キュベレイ mkII)、(ビギナ・ギナ)マリアはデューク、プルはジュドー、セシリーはシーブックで説得すると仲間になる
第32話『悲しみの果てに』・加入ユニット：(サザビー)あしゅらが生存している状態でデュークがナイーダを説得すると仲間になる クリア時にナイーダが生存しているとサザビー入手 ムサシが死亡
第33話『カウント・ダウン』・加入ユニット：ゲッターロボ G
第34話『プルとプルツーと』・加入ユニット：ラー・カイラム、(ヤクト・ドーガ)プルとプルツーが戦闘後、ジュドーとプルで1回ずつプルツーを説得し、再度ジュドーかプルで1回プルツーを説得するとプルツーが仲間になる 次のシナリオは『ソロモンの悪夢』を通っている場合は『ラビアンローズ(ハマーン)』 通っていない場合は『ラビアンローズ(バスク)』
第35話 A『ラビアンローズ(ハマーン)』・加入ユニット：グランゾン、GP-03 デンドロビウム、パンタグリュエル「ア・バオア・クー」を選択すると次のシナリオが『宇宙の渦』 「月面」を選択すると『ムーンライト(メキボス和解)』
第35話 B『ラビアンローズ(バスク)』・加入ユニット：グランゾン、GP-03 デンドロビウム、パンタグリュエル
第36話 A『宇宙の渦』・加入ユニット：(ゲーマルク)イリア生存時にジュドーでキャラを説得すると仲間になる
第36話 B『ムーンライト(ガトー加入)』・加入ユニット：ノイエ・ジール
第37話 A『ゼダンの門』・加入ユニット：なし
第37話 B『ルナティック・ドリーム(ザビ家)』・加入ユニット：なし
第38話 A『アクシズは燃えて(ギルギルガン)』・加入ユニット：なし
第38話 B『ラストバトル(四天王)』・離脱ユニット：(グランゾン)クリア時の総ターン数が350以内でシュウがマップ上に生存している場合、隠しシナリオに進む
第39話『ラストバトル(シロッコ)』・離脱ユニット：(グランゾン)クリア時の総ターン数が350以内でシュウがマップ上に生存している場合、隠しシナリオに進む ヴァルシオン改をカミーユで撃破すると精神崩壊イベントが発生し離脱
第40話『ラグナロク』・その他：シュウを撃破するとシナリオクリア
スーパー系パイロット能力一覧(その1) スーパー系パイロット能力一覧(その2) 
